Puedes eliminar las carpetas books e images que hay dentro de la carpeta READER pero no el archivo book.db ya que ese es el que contiene el nombre y el titulo de los libros que hay dentro, asi como la ruta donde tienes los libros y las imagenes.
El tema es crear una carpeta con el mismo nombre en \Storage Card\My Documents\Reader y ahi crear una que se llame Books y otra Images...y ahi meter tus libros y las portadas de los libros.
