kleiser, supongo que no habra problema si pasas la carpeta del sdk a Android Studio, no he probado pero no dejan de ser las mismas herramientas.
Ayer me paso lo mismo cuando actualice, estube ahi un rato liado porque no me compilaba los proyectos y resulta que fue porque desaparecio el paquete Platform-tools y Build-tools al actualizar el SDK.
Luego eclipse tambien me hizo actualizar las Developers Tools y ya funciona todo correcto.