Yo a raiz de leeros, me puse a hacer lo del archivo .nomedia
Hay una app, "nomedia" en playstore, seleccione todas las carpetas tanto de la sd interna y sd externa. Deje sin seleccionar las tipicas, donde hay fotos, peliculas, musica, y ya (tambien whatsapp).
Mi experiencia es que va como un rayo ahora. Tambien lo tenia muy fragmentado pero dado que tarda la vida en desfragmentar pase de esa solucion.