No soy ningún experto, pero se me ocurren varias pruebas que si quieres puedes hacer:
1.- Asegúrate que la microsd que metas esta en formato fat o fat32 y que sean de 32gb o menos, parece una tontería pero el problema puede venir por eso y prueba al menos con dos tarjetas.
2.- Pon carpetas o zip en la tarjeta y entra en el recovery y pone la opción de restaurar desde zip, o hacer backup... lo que quieras que lea de la tarjeta y así verificas que al menos desde el recovery te va la tarjeta
3.- Vuelve a hacer wipes con una tarjeta sd puesta si nada de lo anterior funciona y luego vuelve a instalar la versión del android.
4.- Si nada de esto funciona pero te deja actualizar e instalar roms, prueba a instalarte una rom oficial que vaya en tu móvil (desde el update, no desde un zip desde el recovery), pondrá todo lo oficial quitándote el recovery, root y demás pero así te debería de ir todo y siempre puedes volver a instalar luego el recovery y la rom que quieras.
Si nada de esto te va, lleva el móvil al servicio tecnico.
Saludos