Ninguna app que no necesite root podra acabar con al menos una parte del lag en android.
Si no quieres perder la garantia puedes hacer esto:
-Actualiza a jb
-Rootea
-Flashea crossbreeder (mod que elimina el lag de android)
Y si por alguna razon tenes que llevar tu telefono a garantia, nada mas haces un downgrade de jb a gb
y listo... si haces todo correctamente los que arreglaran tu telefono jamás se daran cuenta que lo alteraste
PD : no creo que sea necesario resetear el contador binario, ya que ninguno de estos pasos lo aumenta