Ya he dado con lo que pasaba, por si le sirve de ayuda a alguien. La solución era bastante sencilla, tan solo era cuestión de leer la ayuda de Tasker, que para eso está!
"
Matar aplicación
Detiene la aplicación especificada.
Android 2.2+: reinicia sólo los servicios en segundo plano de la aplicación.
En otras versiones de Android o si está seleccionado 'Usar Root', 'mata' una aplicación en ejecución y todos sus servicios en segundo plano, notificaciones, alarmas, etc.
Ayuda: puede ser más efectiva si la aplicación objetivo no está ejecutándose en primer plano, prueba a utilizar la acción 'Volver a inicio' antes. "
Soy Root y supongo que habría algún problema con matar esa aplicación, pero le hice caso al consejo de usar la acción "Volver a inicio antes" que era lo que tenía que hacer yo manualmente, volver a inicio manualmente y ella sola se paraba.
Asunto arreglado!
KchoPrro
