En la Wikipedia mismo están los cambios entre versiones de Android.
En concreto de la 4.0.4 a la 4.1.2 cambia:
A partir de ahí manías y casualidades de cada uno. Dudo que Google saque una nueva versión de Android que ralentice descomunalmente los dispositivos o gaste batería sin conocimiento, y mucho menos que en tal caso Samsung la quisiera aplicar a sus dispositivos.
A mi personalmente no me duró ni 20 minutos la 4.0.4 desde que saqué el móvil de su caja. Por eso no puedo comparar.
Ahora bien, tengo una aplicación que en Gingerbread funcionaba bien, y en Jelly Bean falla a la hora de cargar imágenes para editarlas. Pero bueno, seguro que el desarrollador podría solucionarlo si quisiera.