el problema que tienes es que has metido el recovery sin ser root!!! para ser root o bien hubieras flasheado un archivo para tal, o bien una rom entera ya con root. prueba ha hacer una copia de tus aplicaciones con titanium backup o algún otro programa que tu tengas y luego restaira los valores de fábrica. Después flashea la última rom oficial con root o alguna cocinada para la versión L que supongo que será la tuya verdad?? No te preocupes que tu problema es solo de software asi que tiene solución.
PD: cuando restaures las aplicaciones en tu nueva rom no restaures los datos del sistema solo restura las aplicaciones y sus datos, ya que si resturas los datos del sistema puede que vuelvas a estar igual que al principio.