3 post más arriba tienes una especie de resumen.
La diferencia es el almacenamiento en data, que es el espacio destinado a aplicaciones.
Si llevas mountsd da igual el hboot que lleves. Si usas a2sd te podría dar un poco más de espacio.
Pero si estás con stock y no tienes problemas de espacio, no lo cambies.
Para más información con cantidades de mbs y demás, arriba en las chinchetas hay algún tutorial sobre los hboot. O incluso usando el buscador "hboot htc desire" y ves en la wiki todo lo relacionado a ellos.