Haz una cosa, en vez de apagar y esperar 5 segundos prueba a reiniciar, y cuando esté el teléfono apagado (y conectado por microUSB) conecta el cable USB al PC con el botón de bajar volumen presionado antes de que se encienda en el proceso de reinicio. A mi me pasó algo similar con mi HTC One S y era por eso, al apagar el teléfono quedan tareas de fondo, en cambio al reiniciar se cierra todo, por eso recomiendan esperar 5 segundos en teléfonos a los cuales no se les puede extraer la batería.