te recomiendo que instales la room de cyanogen 5.0.2 estable anda a la a perfeccion incluyendo el super user, para tu problema prueba hacer lo siguiente ve a ajustes luego aplicaciones luego en desarrollo y activa la depuración usb y prueba nuevamente el superuser
a mi me pasaba con la rom original roteada y solo con la depuración usb me funcionaba ya con la rom de cyanogen 5.0.2 no hay ningun problema con el super user...