Si has borrado la raiz entera desde root explorer es como si Windows le borras la carpeta entera de "Windows", es un error fatal y por eso mismo dejo de funcionar porque lo mataste por dentro... no lo vuelvas a hacer, no es ni solucion a ningun problema.
Si es por el tema de las memorias, tienes para formatear la SD como la interna (no sistema), ademas de restablecer de fabrica para alguna solucion de problemas.
Mucho ojo a la hora de utilizar un movil rooteado, si no se sabe lo que se hace, acaba en algo fatal.