Es recomendable después de cambiar de rom, restablecer a valores de fabrica o hacerle los wipes para que la nueva rom asiente bien y evitar errores, lags y demás historias. Ahora supongo que te irá bien no?
Sobre el tema del backup no uso esa app, pero es posible que el backup lo guardaras en la memoria interna? Si hiciste eso y después restauraste adiós backup.