Mira de tener el whatsapp instalado en la memoria del terminal y no en la sd, de ser asi pásalo al terminal.
También mira de tener todos tus contactos pasados a la memoria del terminal , y no verlos directamente en la sim, copia la agenda al terminal y pon en visualizar solo contanctos del termial, después en ajustes del teminal activa la sincronización del whatsapp( que creo que as comentado que ya la tenias) y también sincroniza el whatsapp desde la misma aplicación.
De no ser solucionado el problema, te recomiendo lo dejes pasar por alto, o cambiar de ROM.
o esperar haber si encuentras una solución al respecto, o alguien te puede ayudar mejor.
saludos!!!