Pues yo siempre he guardado mis contactos,mensajes con pimbackup y no he tenido nunca ningún problema,lo de la agenda no lo se... y he cambiado unas cuantas veces de rom.....
Lo que no funciona es el backup de programas...(SpbBackup,RescoBackup etc...) ahi si que te genera conflictos al restaurarlos con otra Rom.