Un nandroid es la copia exacta de la rom, pero lo que esta en la sd esta en la sd. De esta no se hace copia.
Si vas a cambiar de rom tienes que hacer un nandroid (recomendado) pero solo es por si falla algo al instalar la rom.
Tienes que hacer copia de todas tus aplicacion con titanium o con go backup y despues restaurar esa copia cuando instales la rom.