A ver, por partes...
El programa tiene que autoarrancar al inicio. Esto es lo que hablamos de darle a Startup y que nos pregunte "add gsen shortcut to windows startup".
En cuanto a las líneas con el texto #windows(nombre de programa), con la configuración por defecto del Gsen, indica los programas que NO deben girar... pero si cambias el valor Onlyfor(0) a Onlyfor(1) sería todo lo contrario, es decir, sólo girarán los que estén o pongamos en la lista. Puedes añadir a la lista cualquier aplicación que tengas abierta (usando el menú del Gsen) o también aplicaciones que estén cerradas, simplemente escribiendo una nueva línea AL PRINCIPIO de la lista, con el nombre del EXE de la aplicación (por ejemplo #window(PowerRadio.exe)).
NOTA: los programas y juegos que no se vean bien en modo horizontal, que ya giren por sí mismos o que directamente arrancan en horizontal (p.ej. el juego Experiment13) deberías excluirlos del autogiro del Gsen. Te pongo mi lista, para que veas cuáles tengo yo, y te sirva de guía:
#window(SpbTV.exe)
#window(SpbTime.exe)
#window(Experiment13.exe)
#window(copilot.exe)
#window(Brain Challenge 3.exe)
#window(YouTube.exe)
#window(Showcase.exe)
#window(TowersOfHanoi.exe)
#window(FMRadio.exe)
#window(mToolbox.exe)
#window(Handy Shopper.exe)
#window(PowerRadio.exe)
#window(pmg2.exe)
#window(Nitrogen.exe)
#window(SpbBackup.exe)
#window(htcAddicts_cleanRAM.exe)
#window(ClearTemp.exe)
#window(xnpocket.exe)
#window(Xtrakt.exe)
#window(wCorePlayer)
#window(Manila)
#window(TEETER)
#window(opera)
#window(htcalbum)
#window(cprog.exe)
#timeout(1000)
#onlyfor(0)
#fdscreenoff(0)
#show(1)
#x(240)
#y(1)
#clr(255,255,255)
#poweroff180(0)