[lsrael22DT]

Es el mismo proceso solo que antes tienes que flashear el kernel con fastboot... busca en el foro como usar fastboot y como flashear kernels... por lo normal todos los custom kernels tienen ya cwm instalado así que al momento de cambiar el kernel ya tendrás cwm para flashear la rom que quieras.
EDITO: Mas info.
También puedes flashear el kernel con flash tool. Por lo normal cuando una rom es de bootloader abierto te proporcionan el kernel que puede ser un archivo boot.img o kernel.elf, ambos se flashean de la misma manera
En el caso de la rom CM9 de FXP el archivo boot.img viene incluido en el zip de la rom al momento de bajarla.