Buenas Keluchi
para instalar el bootloader:
has hecho estos pasos?
En el Kindle.
Ajustes > Dispositivo > "Permitir instalacion de aplicaciones" ACTIVADO
Ajustes > Seguridad > " Activar adb"
saludos
PS: Para hacer eliminar el root, hay un tuto en ingles muy sencillo(ahora no tengo tiempo de traducirlo, pero si tienes dudas pregunta, es muy sencillo

)
http://theunlockr.com/2012/10/29/how...n-kindle-fire