Una muy breve explicación:
MortScript es una aplicación con la que puedes ejecutar scripts escritos por ti mismo para Windows Mobile y así automatizar acciones y tareas que de otra manera requerirían unos cuantos clics (en este caso un cambio en una clave del registro).
MortScript no dispone de interfaz de usuario, y simplemente instala en tu PDA el entorno de ejecución necesario para abrir los archivos con extensión "mscr" en los que están escritos los scripts.
En este caso, como el archivo creado por mí para desactivar el autoarranque del ActiveSync es un "mscr", es necesario que el MortScript esté instalado. De otra forma, Windows Mobile no reconocería la orden de no activar el ActiveSync.