Saludos..
Android está basado en linux, por eso no esta nada mal saber la estructura y como funciona linux.
Pero también usa una máquina virtual java (dalvik) porque hay muchos archivos compilados en java (.jar) por ejemplo el framework.jar y además todas las aplicaciones (apk) están escritas en Java, por lo que te viene bien tener conocimientos de este lenguaje de programación... como tu los tienes..
Hay muchas herramientas para trabajar desde güindous... pero hay pasos que te va a hacer falta linux.
Saludos