hasta donde se el rendimiento no depende del formato mas bien del formato depende que la reconozca el dispositivo y pueda leer/escribir, por ejemplo FAT puede manejar según recuerdo nombres de archivos mas grandes que NTFS, eso es muy útil cuando tienes una foto llamada "24320909409430943435ewfgdsdssasafdg.jpg" NTFS no puede leerla o marca errores, además de que el volumen al crear la tabla de indexación de datos FAT la crea mas rápido, esto se traduce en que cuando abres tu SD y dice "leyendo" FAT te arroja los datos del contenido de la SD mas rápido que NTFS
Ojala sirva de algo esto
saludos