La diferencia de funcionamiento entre ambos es nula, ambos permiten el tipo de escritura "normal" y el tipo de escritura "deslizando el dedo", la diferencia real entre ambos es la base de datos de palabras, la de swype es más amplia, y a mi parecer reconoce las palabras de una forma mucho más precisa que el integrado en Jelly Bean. Yo llevo usando Swype casi dos años y la verdad es que merece mucho la pena pagar los 0'76€ que cuesta. Al principio puede que te cueste acostumbrarte al tipo de escritura deslizante, pero cuando le coges el tranquillo es mucho más cómodo, en mi opinión por lo menos.