Después de cuatro días sin ningún problema, hoy se ha reiniciado la tablet y al volver al escritorio ya tenía de nuevo la tarjeta externa con las carpetas duplicadas. Aunque le haya ido bien un formateo, la otra solución está en lo qué he descubierto ahora mismo: sacas la tarjeta de la tablet, apagas la tablet, haces un reinicio frío sin la tarjeta puesta, cuando vuelvas al escritorio, inserta la tarjeta de nuevo y arreglado. Estamos ante otro bug motivado por el 4.2.1 que provoca algún error de lectura de la tarjeta. Esperemos que estos de Asus no tarden en hacer una actualización para arreglar todos éstos errores.
Saludos