En realidad se flashea igual pero cambiando un poco el comando.
Supongo que te refieres a el kernel y al recovery, claro...
El comando que verás por ahi de windows es el siguiente:
fastboot flash recovery "nombre de recovery".img
Ó
fastboot flash boot boot.img
Este útimo para los kernels...
Pues bien, el caso es el mismo pero deberias de encabezar el comando con sudo.
Es decir:
sudo ./fastboot flash .......seguido de la orden, ya sea para recovery o boot.img
Esto siempre con la consola terminal en la ruta de fastboot, claro..
Lo demas es exactamente igual.
Espero haberte aclarado.
Un saludo.
