Como bien te dicen la rom de recoba trae la opcion para quitar los botones,ademas lo realiza en el acto,antes de tener ese metodo usaba este programa para quitar los botones (cuando llevaba la stock)
http://forum.xda-developers.com/show....php?t=1497558
Si usas esta ultima aplicacion,el cambio necesita reiniciar el movil y te recomendaria usar LMT para sustituir a los botones que has quitado.