Busybox interfiere con la aplicación CWM de forma que esta cree que no eres root porque no llega a reconocer el kernel... Si desinstalas Busybox (no solo el instalador sino que quitas la versión de busybox que te haya instalado) y reinicias el teléfono, ya te debería reconocer el root en CWM.
El kernel de BAM viene con su propia versión de busybox (creo que es una 1.19.4) que es suficiente para la mayoría de las cosas, y que permite a CWM reconocer el root.