Es absolutamente normal. No es aconsejable hacerlo sin desmontar ("desactivarla") antes. Si el problema persiste sería aconsejable formatearla mediante el recovery. Y si te ves apto claro...., después depende de ti si quieres particionarla. Lo de los permisos no tiene nada que ver. Es algo mucho más sencillo. Cuando en un PC retiramos una memoria sin quitarla "con seguridad" nos puede pasar lo mismo. te aconsejaría que nunca retires la SD pues puedes acceder a ella mediante software. (o sea .... "conectado a pc" ----- activar....)