Explico cómo sería con el "ES explorador" una vez conseguido copiar el archivo:
-Vamos a "/system/app/" que es en donde se supone que deberíamos haber copiado el nuevo "SuperStamina.apk".
-Mantenemos el dedo sobre "SuperStamina.apk" y cuando se marque abajo a la derecha del todo habrán aparecido tres cuadraditos en donde pondrá "Mas", pulsamos en él y ahora le damos a "Propiedades".
-Donde pone "Permisos: ...." le damos al botón de al lado que pone "Cambiar".
-Ahora en la fila de "Usuario", marcamos la primera y segunda caja correspondientes a la columna de "Leer" y "Escribir"; y en la fila "Grupo" y "Otros" marcamos solo "Leer".
-Pulsamos "OK" y comprobamos que ahora pone "Permisos: rw-r--r--" si no es así es que algo hemos hecho mal.
-Reiniciamos el móvil y ya debería funcionar.