Buenas, perdonad que reflote un poco, pero ayer vi que esto es un problema oficial. Parece que google play, las aplicaciones de pago del market las mete en no se qué parte de la memoria del sistema y esta parte NO carga al arrancar el teléfono, que es cuando marca que teclado estás usando, por lo que coge el por defecto de HTC en ese momento.
Solo pasa con las de pago, los propios de Swiftkey sugieren que se use la versión Trial del market (gratuita) mientras solucionan el problema con Google...