Buenas:
Efectívamente.
Al hacerte Root, el sistema ha sido modificado, y, por ende, el terminal no acepta las actualizaciones automáticas.
Pero tranquilo...
Hay maneras de seguir siendo Root y que el el estado del terminal no salga como modificado.
Para esto y ante cualquier duda, mejor lee y pregunta en
ESTE HILO.
SalU2.