Gracias Guti89 y si, greenify no congela la app como titanium por ejemplo, pero al hibernar las apps estas no consumen ram como has dicho.
Al final lo he arreglado, tras mirar en foros como xda todas recomendaban tener supersu en vez de la aplicación superusuario, así que probe a instalar supersu y desinstalar superuser, tras reiniciar ya funciona Greenify.
No se porque tras cambiar la "aplicacion root" ha funcionado porque tanto en la rom Ultimate HD como con en la Zelly me ha funcionado con superuser.
Asi que si alguién no le funciona la app Greenify que pruebe a ponerse Supersu.
Por cierto, ayer cuando puse la Doggyrom instalé la pimp my rom con la increible configuración que puso Doggy y que tan bien me funcionó en la Ultimate HD,
intenté hacerlo pero al reiniciar con la configuración de la ultimos tweaks ANDROID FEATURES y MISCELANEO solo salia un mensaje diciendo algo parecido a "inicio xperia se ha detenido" una y otra vez y el escritorio no me aparecia, así que no tuve mas remedio que empezar de nuevo. ¿Alguien ha instalado la pimp my rom y ha tenido problemas?
Por cierto, muchas gracias Guti89 por contestarme