Hola una pregunta, donde tienes los tonos de llamada? Si los tienes en la tarjeta de memoria es normal que al conectar al pc por USB se desconecte la tarjeta tal y como si la estrajeses del móvil, solución jeje ponlos en la memoria interna del móvil luego selecionas el que deseas como tono de llamada y ya esta.
Lo del whatsapp lo puedes configurar a mano desde el programa, en ajustes, notificaciones