Esa app lo que hace es apagar un núcleo (de los 2 que tiene el procesador) cuando se apaga la pantalla.
No hace que entre en deep sleep, pero es una buena opción mientras lo arreglan para que gaste menos batería con la pantalla apagada.
Lo de las memorias, el kernel no las cambia, sólo monta las carpetas Android/data y Android/obb de la sd externa a la memoria interna.
Se puede eliminar el script del cambio de esas carpetas (está en /system/etc/init.d y es el archivo 12extdataobb), al borrar ese archivo y reiniciar queda como stock las memorias y sigo usando la app de la forma 3 para cambiarlas.
También se puede borrar ese archivo del zip antes de flashear el kernel que es lo que he hecho yo (en el pc).
Lo que te pasa es muy raro, no tengo ni idea de qué puede ser.
Si no saliera lo de optimizando aplicaciones sería un bootloop, pero una vez que sale eso es muy raro que se pare, no había visto antes nada igual.
Quién quiera probar la app esa, dejo el link de zippyshare de apkmania:
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