Buenas, seguramente te toca reinstalar todo, y supongo que al ser la misma aplicación que ya tenías, las sobrescribirá. Otra cosa ya es lo que tuvieses configurado en cada una.. Posiblemente te toque configurar todo de nuevo. Si formateas la tarjeta SD, en cuanto la pongas en el móvil, él se encargará de crear las carpetas que necesite de sistema y de fotos, etc...