Yo tengo seleccionada en Misc Nandroid Settings la opción Include /preload, además de MD5 checksum. Las copias las hace en /sdcard.
Seleccionado todo eso le doy al backup y listo.
Cuando restauro si estoy con otro kernel le meto un Philz y reinicio en recovery. Marco de nuevo la opción preload y le doy a restaurar.
A mí me funciona perfecto.