Dinos con que sistema pasa los ficheros a la Note. Entiendo que quieres pasarlos a la sd externa. Si lo haces con la tablet enchufada via usb al Pc es que no estas seleccionando la unidad de la tablet adecuada. Danos algo mas de informacion.
Si quieres que los archivos multimedia que copias a una carpeta en la tablet (videos, musica, fotos,...) no aparezcan en el reproductor, crea un fichero vacio con cualquier explorador de archivos que se llame ".nomedia" dentro de esa carpeta y ya no te apareceran en el reproductor (hay programas como el Quickpic que te hacen esto con una opcion del menu).