Me temo que sí. En el momento en que pones un custom recovery, el teléfono pasará a estado "modificado" y el contador a 1.
Edito: De todos modos, puedes flashear zips con Odin Mobile, sin necesidas de un Recovery alternativo. Y tal vez -aunque no estoy seguro- hacer copias de seguridad completas con la app Online Nandroid Backup.