Buenas, si mal no recuerdo, puedes hacer un backup completo desde el terminal, en ajustes-Copia de seguridad y restauración. Yo no lo he usado nunca, pero te puede servir, por si las dudas.
De ahí en más rooteas, backup de la carpeta EFS, e instalar lo que quieras. Eso sí siempre siguiendo las instrucciones que dan en los distintos tutoriales.
Un saludo.