Hola amigo ,
el problema no viene de la aplicación link2sd a no ser que la tengas mal configurada (y tampoco creo que sea por eso).
Imagino que habrás hecho una partición en tu tarjeta sd y montado el script en link2sd para enlazar las aplicaciones a esa partición ...verdad?.
Si desistalas link2sd las aplicaciones que tienes enlazadas no te funcionaran , las tendras , pero no se ejecutarán . Por lo tanto sin link2sd no te sirven nada mas que para ocupar espacio .
Yo creo que la solución a tu problema es formatear la tarjeta sd desde el recovery mejor y crearle una partición desde el mismo recovery para que te funcione correctamente.
También puede ser que la tarjeta este averiada y no funcione correctamente , pero ya te digo que no tiene nada que ver el link2sd.
Saludos y suerte
pd.:hay tutoriales por aquí para usar link2sd correctamente .