lo que pasa que el script que se ejecuta hay no borra tarjeta interna , ni hace un format system, lo que hago yo para que sea limpia :
wipe data
wipe cache
wipe dalvik
format data
format system
format cache
format preload
format emm ( no recuerdo bien como se llama pero es la interna)
despues instalo todo desde la externa con los wipe cache y dalvik necesarios y despues hago un format sdcard para dejar limpia la externa y listo
Saludos