Para hacer una limpieza al 100%:
Debes de acceder al recovery y hacer /format de todas unidades: system, data, cache, dalvik, sd interna y externa.
Guarada primero todos datos que no quieras perder, pues al hacer /format estas borrando TODO absolutamente, pierdes root y todos ajustes y configuraciones del terminal.
Una vez tengas hecho los /format puedes flashear la ROM por recovery o por Odin.