A mi me pasaba algo eso, pero me he dado cuenta que me ocurria si o si, cuando por ejemplo ponia la aplicacion Spirit FM, y salia de ella. Que por algun motivo deja colgao el handler del sonido en el jack pensando que tienes unos auriculares con micro enchufados.
Yo me hice un software para solucionar esto a mano. No se si te servirá, pero prueba a ver si te falla en una llamada (llama a algun colega) y cuando veas que falla, le pasas la aplicación.
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=586331
Ojala te sirva.