En todo caso no es un problema del market, es lógico que no esté diseñado para gestionar las aplicaciones de pago instaladas "by the face", y supongo que tampoco asumen que hay usuarios root que pueden hacer backup de las de pago. Así que si la has comprado y borras, dan por hecho que vas a tener que bajártelas de nuevo del market, si las instalas desde SD es normal que no las reconozca.