Puedes dejar el móvil rooteado sin problemas, si se te rompe el móvil y lo llevas a arreglar por la garantía y lo tienes rooteado no te preocupes porque no importa que lo tengas rooteado o flasheado.
Es un lío que se hacen todos, creen que si rooteas el móvil pierdes la garantía pero no es así, solo que si lo estropeas rooteándolo o flasheándolo eso es lo que no te cubre la garantía.
De todas maneras si quieres rootearlo y luego quitárselo puedes hacerlo con una opción con el programa que utilices (Odin, SuperOneClick)