Totalmente de acuerdo en que la informacion por VPN va encriptada, pero sigue siendo una trama IP (por debajo de la TCP para la conexion) por lo que la informacion que se ve es toda esta:
No estoy muy seguro pero puedes comprobarlo de una manera facil, capturando tramas con el network monitor por ejemplo y veras las cabeceras de IP y que es lo que se ve y que no.
Me parece que un analogo seria por ejemplo sin meterte en lios de VPN, una conexion SSL (gmail por ejemplo la usa, el https famoso). Logueate en gmail desde tu PC y al mismo tiempo con el network monitor captura tramas, la informacion de los paquetes IP va encriptada pero las cabeceras son completamente visibles.