Pero una pregunta: ¿Perdísteis también las apps instaladas, o solo los datos de la memoria USB? Intuyo que solo los datos. Esto es lo raro, porque si no estoy mal informado, /SYSTEM ya no es una partición distinta a las demás, por lo que si se borra la memoria USB debería haberse borrado también system (es decir, el equivalente a un wipe data) o al menos todas las apps instaladas.
Es sumamente raro lo que os ha pasado y debería investigarse algo más. ¿Os dio algún error al escribir? ¿se desconectó solo el teléfono cuando estaba conectado por USB? Y la pregunta final: En el momento del fallo, ¿teníais el teléfono conectado a un puerto USB lateral o trasero?
Me atrevería a apostar por un problema de voltaje en el puerto USB del ordenador. Es sabido que se recomienda utilizar siempre que se pueda los conectores USB traseros, los que están directamente integrados en la placa base, porque son más fiables en el voltaje de 5v que tienen que suministrar, y no me lo invento: En mi PC sobremesa tengo dos conectores laterales pero uno de ellos no funciona bien, hay veces que lo que conecto a él se desconecta solo (no se desenchufa, simplemente Windows me dice que se ha desconectado y lo vuelve a conectar) y eso me ha dado problemas con discos externos (datos corruptos, como os pasa a vosotros). Lo que he hecho es tapar ese conector conflictivo con cinta aislante para no volver a pinchar nada en él.