Stock y jbed java no se lo que es.
Spare parts es una aplicación orientada a la configuración del terminal (opciones como la velocidad de las animaciones, etc..)
Dropbear ssh server, es un servidor para que te puedas conectar a la hero por ssh (es como un telnet seguro, un emulador de terminal),
Compcache, resumiendo mucho, comprime los datos en la memoria ram, ocupan menos y tienes más ram libre, pero usas mas procesador para comprimir/descomprimir (es algo más complejo)
Y el stock kernel se refiere a usar el kernel de linux con la configuración de htc y no el que ha modificado tecknologist.
Saludos