Hola, mira a ver si lo que te a ocurrido es esto, esta explicado en la primera pagina del hilo, con un poco de suerte no te lo has cargado, empieza a leer desde el principio del hilo y espero que sea asi.
Cita: Originalmente Escrito por
Vacti 
Lo bueno del NativeSD es qe puedes tener varias ROMs e ir cambiando entre ellas (lo qe no se es lo qe pasa con las aplicaciones instaladas en la EXT4, supongo qe sera una diferente por cada ROM).
Puedes tener 1 ROM en NAND (en mi caso BlueOrange), y varias (las qe qieras mientras tengas memoria) en la SD.
Una manera de cambiarlas es qe cuando instalas una ROM, en la carpeta NativeSD se crean los archivos "initrd.gz" y "zImage", ademas de otra carpeta con el nombre de la ROM y con los mismos archivos.
Cuando instalas otra ROM en NativeSD, los de la carpeta principal se reemplazan y se crea otra carpeta con el nombre de la ROM y otros "initrd.gz" y "zImage".
(Traducido de XDA) La estructura de archivos que se crea es:
/sdcard/NativeSD/NexusHD2/zImage
/sdcard/NativeSD/NexusHD2/initrd.gz
/sdcard/NativeSD/PA/zImage
/sdcard/NativeSD/PA/initrd.gz
/sdcard/NativeSD/zImage
/sdcard/NativeSD/initrd.gz
El Magldr& CLK siempre lee los archivos /sdcard/NativeSD/zImage /sdcard/NativeSD/initrd.gz para iniciarlos, por lo que si quereis cambiar de PA a NexusHD2 solo teneis que reemplazar los zImage & initrd.gz de cada ROM a la carpeta principal de NativeSD, tambien se puede utilizar la NativeSD ROM switch app hecha por datagr