Si ha sido desde que has instalado la rom es¡ntonces hazlo todo de nuevo...mete el firmware .587 rootea, cwm y todo el rollo y hazlo todo de nuevo porque eso no puede ser por la rom...es la primera vez que escucho que una rom haga que no funcionen los botones fisicos...puedes estar seguro de que la rom no puede provocar eso.
Un saludo...espero que te sirva compañero